王亚东教授 在国内率先开展生物信息学的研究，作为资深专家有力地推动了我国在生物信息学方面的研究工作。
他主持完成国家科技重大工程、国家863计划项目、国家自然科学基金、国际合作项目等20余项，其中国家重大专项项目1项，国家科技支撑计划重点项目1项，国家863计划项目10余项，国家自然科学基金项目5项，国际合作项目5项。王亚东教授荣获国家科技进步二等奖1项、省科技进步二等奖1项、省自然科学二等奖2项；在《Nucleic Acids Research》(SCI,IF 8.278)、《Bioinformatics》(SCI,IF 5.323)、《Human Mutation》(SCI,IF 5.213)、《BMC Genomics》(SCI,IF 4.40)、《BMC Bioinformatics》(SCI,IF 3.02)等国际著名期刊发表论文150余篇，单篇最高他引314次，入选2009年“中国百篇最具影响力国际学术论文”。王亚东教授代表性学术论文的影响因子总和超过150。
主要在研项目有 ： 生物大数据表述索引、搜索与存储访问技术，国家863计划重大项目，2015.01-2017.12 生物数字资源集成和信息服务关键技术研发, 国家863计划项目，2014.01-2016.12 医疗物联网关键技术研究与设备开发及验证, 国家科技重大专项，2013.01-2015.12 医疗信息集成融合技术与系统开发, 国家863计划项目，2011.01-2015.12 个人健康信息获取与管理技术研究，国家863计划项目，2012.01-2015.12 转化生物信息学重大产品研制，国家863计划项目，2012.01-2014.12 哈尔滨工业大学-爱思开医疗信息技术联合研究实验室，国际合作项目，2011.01-2014.12 基于新一代测序数据的基因组拼接组装算法研究 ，国家自然科学基金，2011.01-2015.12 基于个体基因组单核苷酸突变的等位基因转录调控模型研究，国家自然科学基金，2014.01-2017.12 基于多参考基因组的高通量测序片段映射方法研究，国家自然科学基金，2014.01-2016.12 基于生物数据融合的致病microRNA识别方法研究，国家自然科学基金，2012.01-2014.12 人类复杂疾病相关的非编码区调控性单核苷酸变异预测研究，国家自然科学基金，2014.01-2016.12 主要获奖项目有: 项目“农业专家系统及其开发工具研究”获第一届黑龙江省高校科学技术一等奖 (2002) 项目“复杂疾病基因作图的模式识别方法研究”获黑龙江省高校科学技术一等奖和黑龙江省自然科学技术二等奖（2005） 项目“J-220-2-15 农业专家系统研究及应用”获国家科技进步奖 (通用项目)二等奖 (2006) 项目“基于机器学习的色彩自动匹配技术研究”获黑龙江省自然科学技术二等奖 （2006） 论文《miR2Disease: a manually curated database for microRNA deregulation in human disease》获中国百篇最具影响国际学术论文奖 (2010) 和第十二届黑龙江省自然科学技术学术成果奖一等奖 (2011) 个人基因组浏览器PGB是全球首个针对个人基因组而定制的浏览器，相关论文《The Personal Genome Browser: Visualizing Functions of Genetic Variants》发表在Nucleic Acids Research(2014年IF：8.278)。审稿人高度评价研究的重要意义“You do a lot of great works to the world”，标志着我国在这一全新的研究领域完成了领航任务。 软件成果有 ： miR2Disease miR2Disease, a manually curated database, aims at providing a comprehensive resource of miRNA deregulation in various human diseases. Personal Genome Browser Personal Genome Browser, a genome browser for visualizing individual genetic variants and their functions, with support of diverse genomic annotations and knowledge bases. SIDD SIDD aims to establish semantic associations among disease-related databases and integrate them to provide disease global view at biological levels. PRISM PRISM is a software for split read (reads which span across a structrual variant — SV ) mapping and SV calling from the mapping result. PRISM is able to detect small insertions and abitrary size deletions, inversions and tandom duplications with the direction of discordant read pairs. PRISM_CTX is a tool for detecting inter-chromosome trans-location events. DNMFilter ESclassifier ESclassifier is a supervised machine learning-based approach for exon skipping event detection from RNA-Seq data lncRNA2Target lncRNA2Target, a manually curated database for differentially expressed genes after lncRNA knockdown or over expression. LncRNA2Function LncRNA2Function, an ontology-driven user-friendly web interface named lncRNA2Function, which enables researchers to browse the lncRNAs associated with a specific functional term, the functional terms associated with a specific lncRNA, or to assign functional terms to a set of human lncRNA genes, such as a cluster of co-expressed lncRNAs. TF2Lncrna TF2Lncrna, a web interface contains two panels on the left and right hand side, which allow users to input a set of lncRNAs for finding their common TFs or for browsing and retrieving TF-lncRNA regulatory relationships for a specific TF or lncRNA in a specific cell line of interest.