PDA的操作系统安装于ROM中，一般不可以修改。然而，有时我们的PDA需要更换或者升级操作系统，这就需要通过刷新ROM来实现。一般而言，更新ROM的方法有两种，一种是使用官方的升级包，另一种便是通过专用的ROM更新程序进行升级。
一般而言，有些厂商会推出一些官方的操作系统升级安装包，譬如Compaq iPAQ3630，由于刚刚上市时仅仅采用PPC2000，因此Compaq现在开始提供PPC2002升级。从Compaq官方网站下载升级包之后，连接好数据线，直接执行升级程序。整个升级过程非常轻松，无非是一路Next，只要保证在刷新过程中不死机即可，因此强烈建议大家在刷新时关闭所有的应用程序。
至于通过专用的ROM更新程序进行升级，这可能会牵涉到一些版权问题，但是用户互相之间的非商业交流还是允许的。以Compaq iPAQ3630为例，我们也可以采用这种方法来升级。下载到升级ROM之后，首先在关闭ActiveSync的情况下按住POWER和ACTION键不放，同时按下Reset，随后执行HOST11.EXE，ROM刷新就会开始执行。当然，不同的PDA有不同的刷新程序，如联想的XP系列采用Home+Reset键唤出Bootloader程序，因此大家还是要查阅产品的说明书。
为了尽可能的使刷新过程安全，建议大家在刷新之前先将ROM资料备份到RAM中，不过一般PDA并不会提供这一功能，因此需要我们借助BootBlaster软件，BootBlaster的使用极为简单，进入“FLASH”菜单，选“Save Wince .gz Format”，随后它会将ROM信息保存到My Documents目录下。事实上，备份出的.gz文件可以用Winzip解压。当我们需要恢复ROM时，只要将其改名为nk.nb0，然后执行HOST11.EXE刷新工具即可（HOST11.EXE可以在各种ROM升级包中找到）。其实，采用这种方法也可以让两台同型号的PDA复制ROM，只是大家要注意版权问题。
相对而言，Palm OS的升级要困难得多，大多数采用Palm OS4.1的产品想升级到Palm OS5.0几乎是不可能的，因为新版本的Palm OS不再支持龙珠处理器。此外，近几年Palm的硬件架构变化较大，这也给操作系统升级带来了不便。